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外周血循环exosome lncRNA测序
日期:2015年06月10日 信息来源:深圳市纽邦生物科技点击率:2330

摘要:

  锐博生物在全球领先研发出外周血循环exosome RNA富集和提取技术,并结合微量RNA建库测序技术,提供外周血循环exosome lncRNA研究整体解决方案,为广大的生物医学研究提供最前沿和高质量的技术服务。 


      exosome来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的囊泡,是由活细胞分泌的而来,是一类大小介于30-100nm的含有RNA和蛋白质的微囊,几乎所有类型的细胞都能分泌,广泛存在于各种体液中,特别是存在于外周血循环系统。目前的研究发现外周血循环exosome包含有蛋白质、脂质,还有种类丰富的各类核酸分子,特别miRNApiRNAlncRNA。这些核酸分子被exosome的脂膜所包裹和保护,在细胞间通信中发挥重要的生物学功能,并有望成为液体活检的重要分子标志物。



 
外周血循环RNA存在形式示例图


锐博生物在全球领先研发出外周血循环exosome RNA富集和提取技术,并结合微量RNA建库测序技术,提供外周血循环exosome lncRNA研究整体解决方案,为广大的生物医学研究提供最前沿和高质量的技术服务。
通过exosome lncRNA测序技术,具有以下医学意义:

• 开发针对复杂疾病的无创早期检测标志物,提高诊断的特异性和灵敏性;
• 指导针对复杂疾病特别是肿瘤的个性化治疗;
• 用于疾病的预后判断,特别是循环系统疾病和肿瘤

服务流程



测序方案

1) 测序平台:Illumina HiSeq 3000/2500
2) 测序模式:PE150/PE100
3) 测序数据量:每个样本10G clean data
适用物种:人、大鼠、小鼠
样本类型:血清或血浆

分析内容

1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. 测序质量评估
3. 参考基因组比对
4. 全基因组reads分布图谱
5. RNA均一性分析
6. RNA序列完整性分析
7. mRNA一:已知mRNA鉴定
8. mRNA二:mRNA表达量计算及样品间表达差异分析
9. mRNA三:差异基因KEGG生物通路富集分析
10. mRNA四:差异基因GO功能富集分析
11. lncRNA一:已知lncRNA鉴定
12. lncRNA二:计算已知lncRNA表达量及样品间lncRNA表达差异分析
13. lncRNA三:预测新lncRNA
14. lncRNA四:计算新lncRNA表达量及样品间新lncRNA表达差异分析

锐博实测数据展示

实测样本:某份人血清exosome lncRNA



检测结果中:
编码基因约7000个;lncRNA基因约3000个;
mRNA转录本约10000个,lncRNA转录本约5000
lncRNA检测:可检测出超过2000lncRNA转录本



基因完整度检测:横轴为转录本度覆盖度,纵轴为转录本所占比例



转录本覆盖均一性/偏好性检测
说明:reads在转录本上分布较为均一,无3’5’偏好性

(摘抄自生物通)

 

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