固定细胞的染色

PI
PI（碘化丙锭）与EB结构相似，PI在水中的溶解度更高，而膜通透性比EB低，不过两种染料都会被活细胞排斥。PI则常用于检测死亡或即将死亡的细胞数量，或了解细胞内染色体局部状况、DNA结构和膜完整性。PI作为红色荧光复染剂的首选，可与绿色荧光探针或二抗共同使用。

DAPI荧光染料
DAPI大家应该也不陌生。它的学名为4'',6-二脒基-2-苯基吲哚，与DNA结合后发出蓝色荧光，与其他结构的绿色、黄色和红色荧光形成鲜明的对比。与Hoechst相似，DAPI也是与双链DNA的小沟结合，特别是AT簇。当它与双链DNA结合时，荧光强度增强20倍，而与单链DNA结合无荧光的增强。它的荧光强度比Hoechst低，但光稳定性高于Hoechst。不过，DAPI在结合去污剂、磷酸盐及其他多聚阴离子之后，荧光并不会显著增强。DAPI是一种极佳的核酸复染剂，能显示出染色体的清晰带型。DAPI易溶于水，在PBS中溶解度有限。

SYTOX系列染料
SYTOX系列染料也很受欢迎，它们是非通透性的花菁染料，尤其适合于死细胞的染色。使用起来也比较简单，只需要加到细胞，然后观察即可，不需要额外的洗涤，因为它们在水溶液中没有荧光。SYTOX染料适用于多个平台，包括荧光显微镜、流式细胞仪和酶标仪。整个系列目前有红、橙、黄、绿四种颜色。

SYTOX绿色染料与核酸的亲和力是整个系列中最高的。一旦与核酸结合，荧光会增强500倍以上。哇，立马把PI比了下去。且它的碱基选择性最小，不像DAPI和PI那么挑剔，只认AT。SYTOX绿色染料可由常用的488 nm激光或其他的450-490 nm光源激发。它能轻松地透过质膜受损的细胞，但不能穿过活细胞膜。它还特别适合于革兰氏阳性菌、阴性菌及某些病毒粒子的染色，因为它很亮。SYTOX绿色染料能与红色、蓝色染料一起，进行多色分析。它还能与SYTO 17红色染料进行死细胞和活细胞的共同染色。

SYTOX蓝色染料也是一种高亲和力的核酸染料，只能渗透质膜受损的细胞。它与核酸结合后的最大吸收峰约为445 nm，能被汞弧灯的436 nm谱线所激发。与许多蓝色荧光染料不同，SYTOX蓝色染料还能被卤钨灯有效激发。在定量膜受损的细菌细胞上，SYTOX蓝色染料与绿色染料效果相当，同样也不会干扰细菌细胞的生长。不过蓝色和绿色的发射光谱有些重叠，因此SYTOX蓝色染料还是与橙色或红色探针一起使用，效果更佳。

SYTOX橙色染料能清晰分辨死的细菌、酵母或哺乳动物细胞。它与PI相比，发射波长更短，它的光谱则更接近罗丹明的滤光片。此外，SYTOX橙色染料的消光系数比PI要高得多，在结合DNA时荧光显著增强，表明它作为死细胞染料或核酸复染剂，有着更高的灵敏度。SYTOX橙色染料还是利用流式细胞仪进行DNA片段筛选时的最佳染料。

活细胞的染色

Hoechst荧光染料
大家耳熟能详的Hoechst系列染料是一种双苯甲亚胺（bisbenzimide）染料，主要有Hoechst 33258和Hoechst 33342等。它们是细胞膜通透性的小沟结合DNA染料，结合后发出明亮的荧光。Hoechst 33342的膜通透性比Hoechst 33258略好，相当易溶于水，细胞毒性小。它们可被大多数常用的荧光光源所激发，表现出相对较大的斯托克斯位移（激发/发射波长约为350/460 nm），因此适合于多色标记实验。在未结合DNA时，它们有着复杂的pH依赖光谱，在pH5时的荧光产量比pH8时要高得多。SDS等表面活性剂还能使荧光增强。

Hoechst染料普遍用于多个细胞分析，包括细胞周期和凋亡研究，而且它们还是常用的核酸复染剂。此外，Hoechst 33258还有一个特殊的应用。由于它对疟原虫有毒性，因此可用于血液样本的流式筛选，并评估患者的药物敏感性。

SYTO核酸染料
SYTO是活体核酸透性染料。这种染料对核酸的亲和力较低，可通过被动运输扩散透过大多数细胞的细胞膜。对活细胞和死细胞的DNA和RNA都可以进行染色。同时，也可用于革兰氏阳性和阴性细菌的染色。染料通过紫外光或可见光激发而发出荧光。目前有蓝、绿、橙和红等几种颜色。各种SYTO染料间的特性都不相同，包括细胞通透性、与核酸结合后荧光的增强度、激发和发射光谱、对DNA/RNA的亲和力等。与专门用于DNA染色的DAPI和Hoechst染料不同，SYTO还可以对RNA进行染色，因此，经过SYTO染色的细胞在细胞核和细胞质中都可以观察到染色。

由于有些SYTO染料在中性pH条件下带正电荷，因此也可以对线粒体染色。死亡的酵母细胞经过染色后出现明亮的荧光，活的酵母细胞在线粒体和细胞核都可以观察到荧光。一些SYTO的染色还可以用于观察细胞凋亡。红色的SYTO染料可以用来作为绿色荧光蛋白、凝集素或者非通透性绿色SYTOX染料的复染剂。一些绿色的SYTO染料则是很好的细胞核复染剂。